Όπως αναφέραμε υπάρχουν πέντε βασικά έγχρωμα θέματα, κόκκινο, μπλε, κίτρινο, ροζ και μαύρο αλλά αν επιθυμείτε κάτι πιο πολύπλοκο, θα πρέπει να πληρώσετε το ανάλογο αντίτιμο.
Στο νέο theme shop της Nintendo θα βρείτε θέματα σε πολλά διαφορετικά σχέδια και που περιλαμβάνουν ακόμα και χαρακτήρες από δημοφιλή παιχνίδια συμπεριλαμβανομένου και ενός που μας ταξιδεύει στις ρίζες της Nintendo, όταν πουλούσε κάρτες Hanafuda. Το κόστος των θεμάτων κυμαίνεται μεταξύ $0.99 και $1.99.
Η εταιρεία σκέφτηκε ότι ενδεχομένως οι χρήστες του 3DS θα θέλήσουν να μοιραστούν με άλλους τη νέα εμφάνιση του, οπότε αρκεί να πατήσετε up/down ενώ κρατάτε πατημένο το πλήκτρο Y για να κρατήσετε κάποιο screenshot από την πάνω ή την κάτω οθόνη αντίστοιχα.